Chrám svatých Cyrila a Metoděje se po atentátu na Heydricha stal útočištěm sedmi československých parašutistů – Josefa Gabčíka, Jana Kubiše, Adolfa Opálky, Josefa Bublíka, Josefa Valčíka, Jaroslava Švarce a Jana Hrubého. Po zradě Karla Čurdy 16. června 1942 se na jejich stopu dostalo gestapo. Nad ránem 18. června 1942 pravoslavný chrám obklíčilo na osm stovek příslušníků SS a gestapa.
V té době se čtyři parašutisté nacházeli v kryptě, zatímco trojice – Opálka, Kubiš a Bublík – byla na kůru kostela. Právě oni se zapojili do boje jako první. Přestože byli beznadějně obklíčeni a trpěli nedostatkem zbraní i munice, kladli urputný odpor. Němečtí útočníci zpočátku ostřelovali kostel i z okolních budov, palbu však brzy omezili, aby neohrozili vlastní jednotky.
V této zoufalé situaci se parašutisté pokusili o sebevraždu, což se podařilo pouze Opálkovi. Bublík a Kubiš byli Němci zajati ještě naživu, avšak těžce zranění a v bezvědomí byli odvezeni do lazaretu SS. Ani jeden z nich už vědomí nenabyl a oba krátce nato zemřeli.
Poté, co byl prozrazen i úkryt zbývajících parašutistů, zaútočili Němci na kryptu s cílem zajmout je živé. Nejprve se je pokusili přimět ke kapitulaci, poté do krypty házeli slzotvorné granáty a přinutili také české hasiče, aby prostor zaplavili vodou. Parašutisté však útokům statečně odolávali, až si nakonec v bezvýchodné situaci vzali život.
Se smrtí parašutistů nacistický teror zdaleka nekončil, odplata okupantů tvrdě dopadla mimo jiné na pravoslavnou církev. Biskup Gorazd a další hodnostáři, Vladimír Petřek, Václav Čikl a Jan Sonnevend byli popraveni 4., respektive 5. září 1942. Později téhož měsíce nechal nový zastupující říšský protektor Kurt Daluege pravoslavné obce na území protektorátu zrušit. Další pravoslavní věřící, kteří měli nějakou spojitost s atentátníky, byli mezi Čechy popravenými 24. října 1942 v Mauthausenu.
Po válce byla pravoslavná církev obnovena a chrám znovu vysvěcen. Biskup Gorazd byl pravoslavnou církví roku 1987 prohlášen za svatého. V kryptě vznikl v roce 1995 Národní památník hrdinů heydrichiády, který v roce 2017 převzal do správy Vojenský historický ústav Praha. Stopy po posledním boji parašutistů jsou na chrámu viditelné dodnes.