Historie pluku se začala psát během bojů čs. legií proti bolševikům na transsibiřské magistrále. Zatímco se legionářům dařilo postupovat Sibiří a svrhávat regionální bolševické vlády, vyvstala nutnost doplnit unavené jednotky, vytvořit nové útvary a zřídit spolehlivé pracovní oddíly. Proto bylo na rozkaz velitele Východní skupiny čs. vojsk kpt. Radoly Gajdy v červnu 1918 vydáno mobilizační nařízení, jež nakazovalo všem Čechoslovákům v dané oblasti bez ohledu na stáří vstoupit do pracovních praporů. Za shromažďovací místa mobilizovaných Čechoslováků, většinou zajatců, byly vybrány města Tajga a Novonikolajevsk (dnes Novosibirsk), kde se z nich začaly tvořit pracovní prapory určené k obstarávání pracovních úkonů pro čs. vojsko.
Při registraci příchozích se záhy ukázalo, že mnozí chtějí raději dobrovolně vstoupit přímo do čs. vojska a sloužit se zbraní v ruce (do 26. června 1918 se do novonikolajevské kanceláře dostavilo celkem 1 117 mužů, z nichž se 821 přihlásilo ke službě ve vojsku). V Novonikolajevsku tak záhy vznikl z nově přihlášených dobrovolníků oddíl provizorně nazvaný jako „záložní prapor novonikolajevské sborné stanice“, jenž se později stal základem dvou posledních střeleckých pluků čs. armády, zformovaných ještě v Rusku.
Záložní prapor sídlil nejprve improvizovaně ve vojenském vlaku na místním nádraží a teprve později byl s dalšími přibývajícími dobrovolci – již kvůli nevyhovujícím hygienickým podmínkám a hrozbě nakažlivých nemocí – přesunut do městských kasáren. Zde nejprve plnil funkci klasického záložního praporu a dodával vycvičené dobrovolce různým čs. oddílům. Situace se však změnila po Gajdově rozhodnutí, aby bylo mužstvo záložního praporu využito k zformování dvou nových pluků, dislokovaných v Novonikolajevsku a relativně nedalekém Tomsku. K provedení rozkazu bylo přikročeno 15. července 1918. Nové útvary byly zpočátku pojmenovány jako 11. čs. střelecký Novonikolajevský pluk a 12. čs. střelecký Tomský pluk. Své čestné přídomky získaly až v listopadu 1919.
Nový pluk měl zprvu 591 dobrovolců, z toho 129 Slováků. Jejich počet však postupem času rostl, přestože byli především mladší ročníky a tzv. specialisté (např. zákopníci, jezdci, dělostřelci, telegrafisti apod.) převelováni k jiným útvarům, které v té době ještě bojovaly na magistrále. Většinu mužstva tak tvořili starší, mnohdy již čtyřicetiletí vojáci.
Prakticky již od svého založení byl pluk využíván ke strážní službě (zejména v Novonikolajevsku, později i v Tomsku a v jiných městech obsazených legionáři), zároveň se intenzivně prováděl výcvik. Toto klidné období však netrvalo příliš dlouho, neboť všude kolem zuřily boje. Legionáři se stále ještě probojovávali na východ a zároveň se již utkávali s bolševiky na povolžské a uralské frontě. Na konci srpna 1918 byla celá magistrála od Volhy až po Vladivostok obsazena legionáři a 11. pluk byl v září – ač ještě ne zcela zformovaný a vyzbrojený – vyslán na povolžskou frontu, aby tam posílil naprosto vyčerpané jednotky 1. čs. divize a 9. pluku, jež se téměř osamocené snažily zadržet nápor dvou bolševických armád.
Během přesunu hrozil jistou dobu jednotce zánik, neboť dobrovolci se dozvěděli o rozkazu z 15. srpna, dle nějž byl jejich pluk přejmenován na pouhý 1. čs. pochodový prapor, což by znamenalo, že má být po příjezdu na frontu rozpuštěn a jeho mužstvo má posílit stávající bojové formace. Pluk záhy přišel o svou rotu úderníků a hudební oddíl, jež byly poslány k jiným tělesům, avšak protože byly ostatní roty i štáb relativně dobře početně naplněny (měly skoro 1 400 mužů), nadále vystupoval a bojoval na frontě jako celek, takže přejmenování zůstalo víceméně formálním aktem. Od prosince 1918 začal být v rozkazech opět zmiňován jako 11. čs. střelecký pluk.
Útvar dorazil do Povolží v posledních zářijových týdnech a takřka okamžitě se musel zapojit do ústupových bojů československých a ruských protibolševických sil proti mnohem početnějším bolševickým armádám. Přestože se od něj vzhledem k nedokončenému výcviku, nedostatečné výzbroji a vyššímu věku vojáků mnoho neočekávalo, pluk v tomto křtu ohněm obstál, zúčastnil se mnoha protiútoků a mnohokrát spolehlivě kryl jako zadní voj ústup dalších jednotek. Z fronty byl stažen koncem listopadu 1918.
Po reorganizaci Čs. vojska na Rusi byl přiřazen k nově sestavené 3. čs. divizi. Dne 16. ledna 1919 byl k němu ještě přidělen tzv. Kurganský prapor, jenž vznikl v dubnu 1918 z transportu dosud nikam nezařazených dobrovolců, kteří během bojů s bolševiky jako improvizovaná bojová skupina v červnu 1918 obsadili město Kurgan. Prapor sice formálně patřil pod 9. čs. střelecký pluk, nicméně po celé období bojů s bolševiky působil jako samostatná jednotka v rámci tzv. Čeljabinské skupiny a Severozápadní skupiny na Urale.
11. pluk byl později pověřen střežením magistrály v úseku Ačinsk – Minino. Zúčastnil se také protipartyzánského tažení čs. legií na manské frontě. Během evakuace čs. vojsk ze Sibiře tvořil společně s ostatními jednotkami 3. divize zadní voj. Do Vladivostoku dorazily vlaky s jeho příslušníky v prvních dnech června 1920. Ještě před odjezdem do vlasti obdržel pluk 7. června svůj prapor. Poté odplul do vlasti, kam dorazil v srpnu 1920. Zde byl po unifikaci v září 1920 sloučen s 11. pěším plukem tzv. domácího vojska a zařazen do československé armády jako pěší pluk 11 „Františka Palackého“.