Po nacistické okupaci se poručík Drbohlav zapojil do domácího odboje a pomáhal při odchodech čs. důstojníků do zahraničí, kam sám tajně odešel 30. května 1939. Z Polska odcestoval do Francie, kde krátce sloužil v Cizinecké legii, aby se mohl na podzim 1939 stát příslušníkem československého vojska ve Francii. V červnu 1940 prodělal jako zpravodajský důstojník pěšího pluku 1 celé krátké tažení, které pro Čechoslováky vyvrcholilo evakuací do Velké Británie.
Roku 1941 byl ve Velké Británii zařazen na zpravodajský odbor Ministerstva národní obrany v Londýně. Pracoval v šifrové skupině, absolvoval i sabotážní, parašutistický a zpravodajský kurz. Mimo jiné se zabýval výslechy zajatců v zajateckých táborech. Po návratu do vlasti sloužil u vojenského zpravodajství na Hlavním štábu v Praze a studoval i Vysokou školu válečnou. Krátce po únoru 1948 byl major Drbohlav jako neloajální k novému režimu vyloučen ze studia, přemístěn na podřadné místo, 1. června 1948 zproštěn činné vojenské služby. Jeho irská manželka Katherine Crehan po únoru 1948 odjela s tříletým synem zpět do Velké Británie a mjr. Drbohlav pak odešel tajně přes hranice znovu do exilu.
Nezůstal však u rodiny v Británii, ale zapojil se naplno do protikomunistického odboje. Z německého Řezna již od konce léta 1948 řídil vlastní zpravodajskou skupinu. Téměř čtyři následující roky vysílal na území Československa ilegálně kurýry, kteří budovali sítě zpravodajských zdrojů a spojek, přinášeli zprávy a dokumenty. V roce 1949 se na řízení skupiny podílel i výsadkář válečné skupiny CARBON major František Bogataj. Státní bezpečnosti se bohužel dvakrát podařilo úspěšně Drbohlavovu skupinu „Iron“ infiltrovat a dopadnout pak řadu kurýrů.
V roce 1949 se u Rudolfa Drbohlava objevily vleklé zdravotní potíže. Po definitivním rozpuštění skupiny odjel 28. dubna 1952 za rodinou do Londýna. Jeho zdravotní stav se rychle horšil. Šlo o zhoubný nádor, melanom, a nemoc měla fatální průběh. Major Rudolf Drbohlav zemřel již 6. listopadu 1952 ve věku pouhých 38 let. Za účasti řady spolubojovníků žijících opět v exilu byl pohřben na hřbitově v londýnské čtvrti Hendon.