Narodil se 27. dubna 1897 ve Vlkově. Po skončení středoškolských studií začal pracovat na dráze. Konec druhé světové války jej zastihl jako přednostu železniční stanice v Roztokách u Prahy.
Kolem 20. dubna 1945 vyjel z Litoměřic transport smrti složený z vězňů tamní pobočky koncentračního tábora Flossenbürg a dalších táborů. V 77 otevřených vagonech bylo namačkáno na čtyři a půl tisíce mužů a žen. Již nakládání provázela brutalita vraždění. Řadu dní stál transport odstavený na nádraží v Lovosicích. Počet mrtvých vzrůstal.
Teprve 28. dubna se pohnul dál na jih, do protektorátu. Krátká zastávka ve vybombardovaných Kralupech nad Vltavou se změnila v nový masakr, když se někteří vězni pokusili uprchnout. Zpráva o transportu dorazila telegraficky také na roztocké nádraží, kterým vlak musel projet. Najdr zodpovídal za to, že nedojde k žádným komplikacím. Přestože byl členem místní odbojové skupiny, musel se v této chvíli rozhodnout sám.
Dne 29. dubna 1945 v půl osmé večer byl na jeho příkaz transport v Roztokách zastaven. Téměř okamžitě jej obklopil dav místních obyvatel. Esesáci se snažili nejprve obnovit „pořádek“, avšak zanedlouho ztratili nad transportem jakoukoli kontrolu. Rezignovaně pak souhlasili, aby vězni dostali od místních jídlo a aby nemocným bylo poskytnuto ošetření. V této situaci se zrodil nápad pomoci co největšímu počtu vězňů k útěku. Najdr dal k dispozici svoji kancelář i další místnosti na nádraží, kde se vězni převlékli z trestaneckých hadrů do civilního oblečení. Ti pak byli až do posledních dnů války ukrýváni v roztockých domácnostech.
Spolu s těmi, kteří byli převezeni do provizorně zřízeného lazaretu, se během 21hodinové zastávky podařilo zachránit na tři sta vězňů různých národností, což lze i v chaosu posledních dní války označit za zcela ojedinělou událost. Vyšetřování gestapa, které dorazilo následně do Roztok, již vyznělo do prázdna. Transport zastavil ještě v Praze, kde byla situace podobná, a dále v Olbramovicích. Tam došlo k poslednímu masakru vězňů. Přeživší osvobodili až 8. května 1945 v jihočeském Velešíně Vlasovovi vojáci a čeští povstalci. Krátce před příjezdem Američanů.
Jan Najdr se po válce zapsal ke studiu na Přírodovědeckou fakultu Univerzity Karlovy, které úspěšně ukončil složením doktorátu. Až do odchodu do důchodu pak pracoval u Československých státních drah jako drážní geolog. Ve svém volném čase se zabýval vlastivědou středních Čech. Zemřel v roce 1974.