Syn Metoděje Šebely a Anděly, roz. Jedličkové. Na tříleté pokračovací škole se vyučil elektromechanikem a zároveň v aeroklubu absolvoval pilotní výcvik.
Na základě dobrovolné přihlášky nastoupil do odd. pilotů Školy pro odborný dorost letectva při VLU v Prostějově (1933–1935), počemž 16. 7. 1935 nastoupil voj. prez. službu u 8. pozorovací letky let. pl. 2 v Olomouci, kde absolvoval výcvik pilota dvoumístných letounů. Dosáhl hodnosti četaře délesloužícího (1. 1. 1937). Poté byl 1. 8. 1938 přemístěn k 73. lehké bombardovací letce let. pl. 6 do Hradce Králové, s níž prodělal mobilizaci.
Po okupaci vstoupil 1. 7. 1939 do řad právě zřízeného protektorátního vládního vojska. Nejprve byl přidělen ke 4. rotě 7. praporu, 31. 10. 1939 pak k 2. rotě pražskému 1. praporu, kam brali především muže vyšších postav (jako byl on), neboť prapor plnil funkci hradní stráže v Praze a v Lánech. Datum, kdy z okupované vlasti uprchl, resp. zběhl od vládního vojska, není přesně známo, muselo se tak stát po 16. 4. 1940, takže odešel jako jeden z posledních čs. letců. Složitou cestou přes Slovensko a Maďarsko se dostal do Jugoslávie. Zatímco 22. 5. byl jako zběh formálně propuštěn z vládního vojska, 28. 5. 1940 byl na fr. konzulátě v Bělehradě odveden do čs. zahraniční armády.
Následovala cesta přes Libanon do Palestiny a 29. 6. 1940 byl prezentován u čs. pěšího pluku 4 v táboře Az Sumeirya. Vzhledem k tomu, že čet. Metoděj Šebela byl dé lesloužícím poddůstojníkem, byl určen zástupcem velitele 2. čety 1. roty. Po odeslání jednotky do Gedery poblíž Tel-Avivu byl 10. 9. 1940 odeslán s malou skupinou dalších letců do Británie. Ze Suezu vyrazili lodí Reina del Pacifico trasou přes Aden, Port Elizabeth, Kapské město, Freetown a Gibraltar; do Liverpoolu dorazili 25. 10. 1940.
V čs. let. depu ve Wilmslow vstoupil 11. 11. 1940 do RAF VR a v hodnosti Sergeant byl 28. 2. 1941 přidělen k 311. čs. bombardovací peruti, u níž zahájil operační výcvik na Wellingtonech. První operační let provedl – ještě jako druhý pilot – v noci 1. 7. 1941 a od 7. 9. téhož roku létal nad Německo již jako kapitán. Vedl si velice odvážně a zdatně a 28. 10. 1941 byl povýšen na rtm.let. v zál. Svůj dvousethodinový operační turnus zakončil 31. 1. 1942. Představoval pro něj provedení 41 nočních bombardovacích náletů nad Německo a okupovaná území, z toho posledních 19 ve funkci kapitána letounu. O tom, že patřil k těm nejlepším svědčí i to, že několikrát dokázal vyváznout z velmi kritických situací. Při návratu od Hannoveru, kde byl v noci 20. 7. 1941 vážně zasažen flakem, musel se svým Wellingtonem v mateřském East Wrethamu nouzově sedat „na břicho“. Totéž a ze stejného důvodu musel zopakovat v noci na 29. 9. 1941, kdy se strojem unikal od hořícího Hamburku; bez podvozku přistál poblíž Stradishallu a i v tomto případě vyvázla osádka bez vážnější újmy. Při návratu od Mannheimu v noci 7. 11. 1941 se dokázal ubránit útokům nočního stíhacího Messerschmittu Bf 110, který na něj zaútočil nad belgickým Roubaix.
Po odlétání turnusu odešel Sgt Metoděj Šebela 8. 4. 1942 na předepsaný odpočinek, v jehož průběhu byl 20. 4. 1942 povýšen do nejnižší důstojnické hodnosti Pilot Officer. Stal se pilotem u navigační školy 10. AOS ve skotském Dumfries, ale v noci 30. 5. 1942 se zúčastnil ještě jednoho náletu, na Kolín nad Rýnem, tedy první „tisícovky“, při jejíž realizaci musely vypomáhat i výcvikové jednotky. Pilotoval tehdy Wellington v řadách 75. bombardovací peruti (New Zealand). U 10. AOS (později přejmenována na 10. (O) AFU) sloužil do 2. 2. 1943, kdy se opět vrátil k 311. peruti, která však nyní již působila v rámci Coastal Command a neoperovala z East Wrethamu, ale z Talbenny. Mezitím byl povýšen do hodnosti Flying Officer (20. 10. 1942) a ppor. let. v zál. (28. 10. 1942). Nad Atlantikem provedl dalších 15 bojových akcí.
Určitě nejproslulejší z nich se stala ta, kterou podnikl 10. 4. 1943. Se svým Wellingtonem se tehdy zúčastnil útoku na italský „lamač blokády“ Himalaya (6240 BRT), snažící se z přístavu Bordeaux proniknout do nitra Atlantiku, aby ze vzdáleného Japonska dopravil zpět strategicky důležité suroviny. O tom, jakou důležitost německé velení celé akci přikládalo, nejlépe svědčí skutečnost, že Himalayu na cestě do nitra Atlantiku doprovázelo celkem šest ozbrojených plavidel.
Hned na počátku zteče Němci útočícímu F/O Šebelovi vyřadili jeden motor, což byl zcela legitimní důvod k urychlenému opuštění místa boje. Šebela však – ke zděšení nepřátel, ale i ostatních druhů na palubě – za neustávají mohutné palby protivníků v útoku pokračoval, odhodil pumy a je pravděpodobné, že loď zasáhl. I když osádka téměř najisto počítala s nouzovým přistáním do moře, nakonec se Šebelovi na jeden pracující motor podařilo dotáhnout stroj až k 550 km vzdálenému anglickému pobřeží a šťastně dosednout v Predannacku. Za tuto akci obdržel vysoce ceněný DFC a byl povýšen na Flight Lieutenanta (1. 6. 1943).
V bojové činnosti pokračoval i po přezbrojení jednotky na Liberatory, ale 18. 11. 1943 se z dalšího hlídkového letu nad Biskajským zálivem nevrátil. Podle německých zdrojů se s největší pravděpodobností poblíž Brestu stal obětí přesily stíhaček Messerschmitt Bf 109G od 12./JG 2 Richthofen. Nikdo z osádky se nezachránil. In memoriam byl povýšen na nadporučíka letectva v zál. (1. 2. 1947) a později na plukovníka (1. 6. 1991).