Velitelství společných sil vzniklo v roce 2003 k zabezpečení a řízení nově vzniklých společných sil. Ty byly zřízeny sloučením pozemních, vzdušných a specializovaných sil za účelem vytváření, přípravy a rotace úkolových uskupení, která měla plnit úlohy v zájmu České republiky v rámci jejích hranic i mimo ně, především při zahraničních misích NATO a OSN. Velitelství společných sil se zformovalo jako samostatný velící subjekt se sídlem v kasárnách Jana Žižky z Trocnova v Olomouci a byly mu podřízeny velitelé pozemních i vzdušných sil AČR.
Své úkoly plnilo velitelství společných sil až do roku 2013, kdy bylo v souladu se závěry Bílé knihy o obraně přijaté vládou ČR v roce 2011 zrušeno. Tento dokument byl zpracován širokým kolektivem vnitroresortních a externích odborníků z řad armády, úředníků a civilních expertů na danou tématiku. Jedním ze závěrů Bílé knihy byla i potřeba převedení řídící činnosti vykonávané doposud Velitelstvím společných sil na příslušné útvary Generálního štábu AČR a nově vzniklá velitelství pozemních a vzdušných sil. Mělo to zjednodušit a zefektivnit organizaci a snížit neefektivní náklady s ní spojené. Velitelství společných sil zaniklo k 31. říjnu 2013 a jeho prapor byl posléze předán do sbírky VHÚ Praha.
Avers praporu tvoří velký státní znak, revers pak znak Velitelství společných sil s plaménkovým lemem. Znak Velitelství má horizontálně dělené pole s horním polovinou světle modrou a dolní zelenou. Uprostřed pole je malý státní znak se zlatými křídly položený na meči se zlatým jílcem a stříbrnou čepelí včetně dvou zlatých lipových ratolestí. Znak heraldicky zleva lemuje po stranách zlatá lipová ratolest a zprava znak města Olomouce. V horní polovině se táhne zlatou majuskulou vyvedený nápis „VELITELSTVÍ“ a ve spodní polovině „SPOLEČNÝCH SIL“. Prapor je zeleným rukávem nasunut na žerdi ze světlého dřeva, zakončené klenotem z kovu žluté barvy ve tvaru lipové ratolesti se třemi lístky. K žerdi praporu jsou upevněny stuhy.