Narodil se 27. března 1917 v dobře situované pražské rodině. Po maturitě na arcibiskupském gymnáziu v Praze-Bubenči v roce 1935 se rozhodl pro studium teologie. Krátce nato odjel do Říma, kde jej v české -oleji Nepomucenum zastihla okupace českých zemí nacistickým Německem. V roce 1940 zde byl vysvěcen na kněze. Českým bohoslovcům byla po 15. březnu 1939 dána možnost zůstat v Římě a nevracet se, dokud jejich vlast nebude opět svobodná. Většina, včetně Mandla, toho využila a pokračovala v postgraduálním studiu. Během římského pobytu tak na Gregoriánské univerzitě získal doktorát teologie.
Po osvobození Říma Spojenci v červnu 1944 se spolu s dalšími přihlásil do československé zahraniční armády, k čemuž obdrželi i potřebný dispenz od papeže Pia XII. Vzhledem k nedostatku přepravních kapacit odjelo devět českých kněží do Velké Británie teprve ve druhé polovině února 1945. Konec války je tak zastihl ještě u Čs. výcvikového střediska nedaleko Cambridge.
Do vlasti se Mandl vrátil až v říjnu 1945 a o měsíc později byl propuštěn do civilu. Celou dobu sloužil jako obyčejný vojín, až v roce 1947 byl jmenován důstojníkem duchovní služby v záloze. Počátkem roku 1946 se stal kaplanem v Kralupech nad Vltavou. Již o dva roky později jej arcibiskup Beran jmenoval do čela Katolické akce v pražské arcidiecézi. Ta měla značný vliv mezi laiky a komunisté se záhy rozhodli jí zlikvidovat. V červnu 1949 vytvořili stejnojmennou organizaci, která měla být naopak vůči režimu zcela loajální a sdružovat „pokrokové“ kněze a věřící. Proti tomu vystoupili čeští biskupové i většina duchovních. Režimní akce skončila neúspěchem, jenž však stál na počátku otevřeného střetu komunistického státu a katolické církve.
Antonína Mandla zatkla StB již v červnu 1949. V následujícím roce byl odsouzen ve vykonstruovaném monstrprocesu s „pomocníky biskupů“ na 25 let do vězení. Na svobodu jej propustili jako jednoho z posledních politických vězňů až 13. února 1964. Za pražského jara v roce 1968 mu byl vrácen tzv. státní souhlas, bez něhož nemohl působit jako duchovní. Výrazně se v té době angažoval v Díle koncilové obnovy a především při prosazování myšlenek ekumenismu a spolupráce křesťanských církví. Normalizační režim, jemuž začal být opět nepohodlný, jej v roce 1971 znovu poslal k lopatě. V té době však byl již smrtelně nemocný – Antonín Mandl zemřel 15. března 1972 v Praze.