Za okupace se podílel především na pomoci rodinám zatčených a vězněných. Jeho činnost však udal zrádce, převor řádu maltézských rytířů v Praze Franz Werner Bobe. Pro Metoděje Kubáně přišlo 29. srpna 1940 gestapo a za údajnou urážku německé branné moci byl odsouzen k vězení v trvání jednoho roku. Po jeho ukončení však nebyl propuštěn, nýbrž odvezen do Terezína a potom do koncentračního tábora Dachau. Tady zemřel následkem týrání 5. března 1942. Jeho udavač Bobe byl po válce za kolaboraci popraven.
Metoděj Kubáň se narodil 18. září 1885 v Horní Bečvě do rodiny drobného zemědělce. Vystudoval Teologickou fakultu v Olomouci. Potom byl 5. července 1908 vysvěcen na kněze. Vystřídal jako farář několik působišť, po vypuknutí první světové války jej povolali do rakousko-uherské armády. Jako polní kurát v lazaretech prošel několika válčišti a v kariéře vojenského duchovního pokračoval i po vzniku Československé republiky.
V meziválečném období vystřídal řadu posádek, dlouho působil na Slovensku a v místech přidělení se stával veřejně známou osobou. Vedle duchovní činnosti se totiž věnoval osvětě a snažil se udržovat co nejvřelejší vztahy mezi vojáky a místním obyvatelstvem. Kubáň se zapojoval i do činnosti civilního duchovenstva a vybudoval si blízké vztahy s pražským arcibiskupem a primasem českým Karlem Kašparem. Jeho angažovanost a obliba patřily k důvodům, proč byl 1. února 1935 jmenován generálním vikářem katolíků československé armády. Brzy jej povýšili na plukovníka duchovní služby a v roce 1938 dosáhl hodnosti generála. Jeho význam v duchovní oblasti vyjádřilo roku 1935 jmenování papežským komořím. Metoděj Kubáň se stal mimo svou vojenskou duchovní dráhu činovníkem řady společenských a vědeckých organizací.
Po začátku nacistické okupace a rozpuštění československé armády byl převeden k Ministerstvu vnitra jako ministerský rada s agendou správy vojenských hřbitovů. Bytostný vlastenec Kubáň se však nehodlal smířit s faktem okupace a plně se zapojil do činnosti vojenské odbojové organizace Obrana národa. Metoděje Kubáně po osvobození povýšili do hodnosti generála šéfa duchovní služby in memoriam, byl mu také udělen Čs. válečný kříž 1939.