Narodil se 25. února 1895 ve Strakonicích do rodiny lékaře. Po obecné škole absolvoval gymnázium s maturitou a potom zahájil studia Lékařské fakulty České univerzity Karlo‑Ferdinandovy v Praze, promoval 25. ledna 1919.
V červnu téhož roku se přihlásil do československých vojenských jednotek. Rozkazem Ministerstva národní obrany byl zařazen k francouzskému depotu legií v Cognaku a jmenován podporučíkem zdravotní služby, vzápětí 1. července 1919 byl povýšen na kapitána.
Po návratu do vlasti působil na ministerstvu, do zálohy odešel 15. prosince 1920. Na štábního kapitána zdravotní služby v záloze jej povýšili 1. ledna 1936. V době mnichovské krize byl povolán k činné službě mezi 24. zářím a 1. říjnem jako předseda prezidiální komise. Po návratu z Francie a odchodu do zálohy působil jako asistent anatomického ústavu, od roku 1920 si doplňoval vzdělání na univerzitě v Bostonu a na Harvardu. Na Univerzitě Johnse Hopkinse v Baltimoru získal doktorát z veřejného zdravotnictví. Po návratu do Prahy roku 1925 založil Oddělení sociální hygieny ve Státním zdravotním ústavu, roku 1927 se habilitoval, o rok později se na SZÚ stal vrchním ústavním lékařem. V roce 1935 dosáhl na Lékařské fakultě Univerzity Karlovy v Praze profesury. Jeho učebnice Sociální lékařství se stala jedním ze základů pozdější poválečné reorganizace československého zdravotnictví. Roku 1938 byl jmenován ředitelem SZÚ a patřil k nejvýznamnějším osobnostem svého oboru.
Po okupaci se stal pro německou správu pro své vlastenecké postoje nepohodlnou osobou, byl odvolán z místa ředitele, musel odejít na nucenou dovolenou a roku 1941 byl suspendován. Snažil se totiž za každou cenu udržet český charakter ústavu a na volná místa přijímal především důstojníky zdravotní služby z rozpuštěné československé armády. To jej ovšem přivedlo do hledáčku německé tajné policie. Ve dnech druhého stanného práva byl profesor MUDr. Hynek Pelc 13. června 1942 zatčen gestapem a 2. července popraven na pražské Kobyliské střelnici. Jeho popel byl uložen do společného hrobu na hřbitově Praha‑Strašnice.