Z posledně zmíněné oblasti šlo především o působení sovětské bezpečnostní složky se zvláštním názvem SMERŠ (Smerť špionam!), což byla součástí sovětské vojenské kontrarozvědky. Vznikla koncem roku 1942 pod vedením Viktora S. Abakumova, tehdy současně náměstka lidového komisaře obrany. Oficiálně vznik organizace potvrdil výnos Rady lidových komisařů z 19. dubna 1943. Úkoly SMERŠ byl jednak boj proti defétismu v Rudé armádě a potom postih sovětských občanů, kteří se v době války dostali do kontaktu s Němci. Proto SMERŠ vznikl právě v době obratu války, kdy Rudá armáda začala obsazovat území předtím kontrolovaná wehrmachtem.
SMERŠ měl pět operativních odborů. První stíhal armádní zběhy a odhaloval případy zrady nebo projevy defétismu. Druhý shromažďoval informace a vysílal své zvědy za německé linie, třetí rozšiřoval informace a rozděloval rozkazy a čtvrtý odbor zadržoval podezřelé vojáky a civilisty. Pátý odbor vytvářel tříčlenné tribunály a vynášel rozsudky, většinou tresty smrti. Činnost SMERŠ byla oficiálně ukončena v roce 1946, ale jeho činnost de facto pokračovala ještě v padesátých letech.
SMERŠ měl na územích obsazených Rudou armádou především vyhledávat, sledovat a zatýkat nepřátele Sovětského svazu a komunistického hnutí. Na rozdíl od příslušníků NKVD nosili příslušníci SMERŠ standartní vojenské uniformy Rudé armády a dali se poznat jen podle zvláštních legitimací.
Aktivity SMERŠ i tajné policie NKVD probíhaly koncem války na československém území bez ohledu na československé zákony. V řadě případů se sovětskými orgány spolupracovali v dobré víře ale i ze strachu příslušníci obnovené československého policie. Příslušníci SMERŠ začali zatýkat občany na československém území již na podzim 1944, kdy Rudá armáda vstoupila na území Podkarpatské Rusi. Tisíce internovaných: ukrajinští nacionalisté, nekomunistická rusínská inteligence ale jednoduše i Maďaři nebo Němci byli deportováni na nucené práce do SSSR. Nejčastěji končili na Donbasu, kde obnovovali válkou zničené doly.
Příslušníci SMERŠ pak působili na Slovensku a nakonec i na území Čech a Moravy. Mnoho zatčených a následně deportovaných pocházelo z území Slezska, z řad původně československých občanů, kteří sloužili za války ve wehrmachtu či pracovali v německém průmyslu.
Nakonec v Praze a okolí příslušníci SMERŠ zadrželi několik set předních osobností bývalé ruské a ukrajinské antibolševické emigrace. Tito lidé žili v Československu na pozvání československého státu již od počátku dvacátých let, získali zde azyl a posléze se v zemi trvale usadili. Stali se za ta léta integrální součástí československé meziválečné společnosti, založili zde rodiny. Byli mezi nimi vysocí důstojníci československé branné moci, vysokoškolští učitelé, lékaři, významní techničtí odborníci, úředníci československé státní a veřejné správy i podnikatelé. V době druhé světové války našlo v Čechách útočiště i mnoho příslušníků podkarpatoruské inteligence, kteří uprchli před maďarskou okupací. Významným cílem SMERŠ byli pochopitelně v Československu uvízlí vojáci Rudé armády, kteří padli za války do německého zajetí a samozřejmě vojáci a důstojníci Ruské osvobozenecké armády (tzv. vlasovci).
Příslušníci vojenské kontrarozvědky SMERŠ 4. ukrajinského frontu dorazili do Prahy již 9. května 1945 večer. Ubytovali se v hotelu Centrál a druhý den se nastěhovali do gestapem opuštěné vily v Dělostřelecké ulici č. 11 v Praze Střešovicích. Hlavním úkolem bylo zadržovat a zamezovat působení významných osobností ruské a ukrajinské emigrace a rusínské politické reprezentace v ČSR. Šlo primárně o jejich nekomunistickou politickou nebo veřejnou činnost v době emigrace. Během několika dní byly v Praze tajně a bez vědomí československých úřadů zatčeny desítky předních ruských a ukrajinských emigrantů.
Jednou z prvních obětí byl již 11. května 1945 odvlečený poslední diplomatický zástupce demokratického Ruska v Československu Vladimir T. Rafalskij. Působil v Praze v této diplomatické funkci až do počátku třicátých let. Poté se živil jako překladatel. Odvlekli jej z bytu v Pštrosově ulici a ještě týž, nebo následující den Rafalskij spáchal ve vyšetřovacím středisku SMERŠ v Dělostřelecké ulici údajně sebevraždu.
Asi 15. května zadrželi a odvlekli z Československa příslušníci SMERŠ i Augustina I. Vološina, rusínského duchovního a politika, předsedu autonomních vlád Podkarpatské Rusi v letech 1938–1939. Zemřel údajně na infarkt v nemocnici moskevské věznice Butyrki již 19. července 1945.
Podle dostupných informací nebyl nikdo ze zadržených obviněn ze spolupráce s německými okupanty a důvodem jejich zadržení a posléze odsouzení sovětskými soudy byl formálně vesměs článek 58 tehdejšího trestního zákoníku RSFSR, podle něhož byly stíhány projevy tzv. kontrarevoluce, tedy účast v občanské válce v Rusku 1917–1920 na straně oponentů bolševiků, odchod do emigrace a činnost či jen příslušnost k emigrantským organizacím. Oddíly SMERŠ začaly působit okamžitě a jejich příslušníci se orientovali podle seznamů, vypracovaných předem, pravděpodobně v Moskvě. Někteří zadržení zemřeli již ve vyšetřovací vazbě. Ostatní byli odsuzováni k vysokým trestům pobytu v nápravně-pracovním táboře – gulagu. Mnozí zemřeli tam, nebo zmizeli beze stopy.
Patrně nejznámějším odvlečeným byl armádní generál Sergej Vojcechovský. Rus, původně carský důstojník a od srpna 1917 důstojník čs. legií v Rusku, žil od roku 1921 v ČSR, kde také získal občanství. Zastával v Československé armádě významné postavení. Do roku 1939 byl zemským vojenským velitelem v Praze. V době nacistické okupace byl i vzhledem k věku poslán výslužby stal se jedním z iniciátorů vytvoření podzemí armády Obrana národa. V květnu 1945 byl ale v Praze zatčen a odvlečen do SSSR. Zemřel jako vězeň v ústřední nemocnici Ozerlag 7. dubna 1951. Vojcechovského odvlečení nevyvolalo nesouhlas československé strany.
Vláda ani prezident nepřijali zásadní protest porušení státní suverenity. Jednak byly úřady zaskočeny, a potom asi nechtěly nepříjemnou a nejasnou záležitostí komplikovat vzájemné vztahy. Nejspíš bylo chování sovětských bezpečnostních orgánů považováno za určitou součást osvobozování a dobového chaosu. Možná hrálo roli i to, že zejména v Čechách a na Moravě se odvlékání týkalo převážně bývalých ruských a sovětských občanů a že nešlo o masový jev. Případy odvlečení z Podkarpatské Rusi se staly připojením tohoto území k Sovětskému svazu bezpředmětnými. Ze Slovenska mělo být uneseno nejméně 10 000 osob a z území dnešní České republiky asi tři sta osob. Do Československa se vrátila necelá pětina odvlečených a to nejdříve po deseti letech. Lepší byla situace Slováků odvlečených na nucené práce, těch se do roku 1949 přece jen různými cestami značná část vrátila. Podíl na to měla i československá diplomacie, která přece jen v případě žádostí o navrácení československých občanů byla důraznější.s
I na základě stížností příbuzných československé ministerstvo zahraničí v konkrétních případech protestovalo a žádalo vrácení zatčených. Primárním tématem byli ovšem odvlečení ze Slovenska na nucené práce do SSSR. Přesto i tam lze reakci státu označit za přinejmenším zdrženlivou a mírnou. Komunisté ve státním aparátu navíc snahy o nápravu sabotovali. Jednak podporovali již z principu jakékoliv sovětské činy a potom jim eliminace ideových odpůrců v zemi nevadila. Šlo přece o „nepřátele SSSR“. Únorem 1948 pak žádosti ministerstva zahraničí směřované na sovětské úřady přestaly. Ze sovětské strany bylo totiž přímo naznačeno, že intervence za odvlečené je nežádoucí, byť šlo formálně o československé občany.
Dlouhá byla cesta za nastolením spravedlnosti, zveřejněním historických skutečností a odškodněním obětí. O osudech zatčených se příbuzní a veřejnost dozvídali až desítky let poté, někdy se pravdu nepodařilo najít dodnes. O odvlečených se mohlo psát až po roce 1989. V roce 2002 byl však přijat zákon o odškodnění, ale žádost byla úspěšně vyřízena jen řádově desítkám osob.