Narodil se 1. srpna 1916 v rodině řezbáře v Břeclavi. Tam také v roce 1932 dokončil odbornou pokračovací školu. Odveden byl v době narůstajícího mezinárodního napětí 28. března 1938. Po nacistické okupaci českých zemí odešel 12. června 1939 do Polska a odtud v srpnu téhož roku do francouzské Cizinecké legie v Alžíru. Od 13. září 1939 byl jako vojín zařazen do čs. armády v Agde. Bojů ve Francii se v roce 1940 účastnil s čs. pěším plukem 2. Po porážce Francie byl evakuován do Velké Británie, kde sloužil v pěším praporu 2, od září 1943 v tankovém praporu 2. Ke 2. (zpravodajskému) oddělení exilového Ministerstva národní obrany v Londýně byl přemístěn 15. květ na 1944 s určením k vysazení do okupované vlasti. 28. května 1944 odletěl do Itálie na vyčkávací základnu u Brindisi a 13. září 1944 byl v paraskupině WOLFRAM vysazen na československém území v Beskydech.
Kromě zpravodajských úkolů bylo hlavním úkolem této paraskupiny vést bojové akce. V tomto smyslu byl WOLFRAM mezi západními skupinami ojedinělý. Po seskoku se však skupina nesešla a každý její člen postupoval samostatně. Radista rtn. Karel Svoboda byl záhy zatčen gestapem. Ostatní členové výsadku se sešli až 29. září 1944. Přestože ztratili spojovací materiál, zahájili budování zpravodajské sítě a navázali kontakty s partyzánskými skupina mi působícími v prostoru Smrku a s odbojovou organizací Rada tří. Po přezimování v Líšni u Brna obnovila skupina WOLFRAM činnost na jaře 1945. Provedla několik úspěšných léček a přepadů německé armády, mimo jiné části štábu německé 8. tankové divize. Koncem dubna se u Jiříkovic spojila s Rudou armádou.
Po válce se Josef Černota stal důstojníkem z povolání. Od října 1945 do září 1947 byl instruktorem bojové zdatnosti ve Vojenské akademii v Hranicích a poté byl ustanoven hlavním instruktorem instruktorského a přeškolovacího kurzu výsadkového vojska u výsadkového praporu 71 ve Stráži pod Ralskem. Jeho žáci se ještě po desítkách let hrdě nazývali „černotovci“. Školil také izraelské výsadkáře v době vzniku Státu Izrael. Roku 1948 vstoupil do KSČ, ale stranickou legitimaci vrátil již 28. února 1950 na protest proti tomu, že jeho místo mělo být obsazeno méně kvalifikovaným „domácím“ důstojníkem. Téhož roku jej armáda v hodnosti štábního kapitána propustila. Následující léta pracoval jako řidič, pomocný dělník, seřizovač textilních stavů a skladník. Josef Černota zemřel 24. října 2001.
Připraveno pro rubriku Kalendář hrdinů Lidových novin a serveru Lidovky.cz, kde byl text zveřejněn 22. listopadu 2019.