Československý sbor nesl v roce 1918 hlavní tíhu bojů proti Rudé armádě na obnovené východní frontě první světové války. Na osvobozeném území východního Ruska, Uralu a Sibiře se současně obnovovala ruská armáda. Na přelomu let 1918/1919 již byla natolik silná, že obě vyčerpané divize Československého sboru mohly být staženy do zápolí k odpočinku a na frontě proti bolševikům je zcela nahradily ruské jednotky.
Na konci listopadu 1918 připlul do Vladivostoku z USA Milan Rastislav Štefánik, československý ministr vojenství. Jeho hlavním úkolem bylo reorganizovat československé dobrovolnické vojsko v Rusku na pravidelnou armádu nového státu. V prosinci 1918 proto zrušil dosavadní Odbočku Čs. národní rady na Rusi a její funkci od ledna 1919 pověřil Ministerstvo vojenství, oddělení v Rusku.
Dne 1. února 1919 byl vydán Štefánikův rozkaz o reorganizaci Československého sboru v Rusku na Československé vojsko na Rusi. Nová organizace obsahovala štáb vojska, tři střelecké divize po jednom dělostřeleckém a čtyřech střeleckých plucích, záložní pluk, úderný prapor, jízdní baterii, dva jízdní pluky, telegrafní rotu, radiotelegrafní rotu, a další jednotky včetně letecké roty a oddílu obrněných automobilů. V Krasnojarsku byla 1. února také založena 3. Československá střelecká divize s 9., 10., 11., 12. československým střeleckým plukem, 3. plukem lehkého dělostřelectva a 3. těžkým dělostřeleckým divisionem (oddílem).
Čechoslováci současně organizovali z bývalých zajatců, kteří se nyní stali občany nově vzniklých států, italské, jugoslávské, lotyšské, polské a rumunské jednotky. Od léta 1918 Čechoslováci také na osvobozeném území spravovali hospodářský a průmyslový život, rozvrácený půlroční vládou bolševiků. Provozovali prakticky všechna životně důležitá průmyslová odvětví, od uhelných dolů, přes chod železnice až třeba po výrobu mýdla, nutného k udržení hygieny mezi vojáky.
Mezi únorem a květnem 1919 Československé vojsko na Rusi postupně převzalo strážní službu na transsibiřské magistrále ve střední Sibiři, mezi jezerem Bajkal a Novonikolajevskem (dnešním Novosibirskem). Tři československé divize střežily dvacet kilometrů široký koridor podle trati. Velitelství 1. divize bylo umístěno v Irkutsku, Štáb čs. vojska na Rusi, Vojenská správa ministerstva vojenství a velitelství 2. divize sídlily v Tomsku, a velitelství 3. divize v Krasnojarsku.
Mezi čs. pluky byly zařazeny také italské, jugoslávské, lotyšské a rumunské jednotky. Na východ od Bajkalu střežily železnici tři japonské divize a nepočetné americké a kanadské jednotky. Na západ od Novonikolajevsku pak magistrálu střežila 5. polská divize a nepočetné britské a francouzské jednotky. Východní frontu nyní již pouze ruské občanské války držely tři ruské armády generálů Gajdy, Chanžina a Dutova.
Československé vojsko na Rusi 1919-1920
generál Jan Syrový
Štáb
Úderný prapor
1. jízdní pluk Jana Jiskry z Brandýsa
2. jízdní pluk Sibiřský
1. jízdní baterie Kulikovského
Oddíl obrněných automobilů
Obrněný vlak č. 1 Orlík
Obrněný vlak č. 2 Úderník
Vojenské části Dálného východu
Telegrafní rota
Radiorota
Letecký oddíl
Dopravní oddíl
Samostatná rota strojírenská
Strážní prapor
Strážní rota ministerstva vojenství
Vlakové dílny č. 3
Záložní autopark
Pracovní prapor
Armádní intendantstvo
Týlové intendantstvo
Koňský záložní dvůr
Dělostřelecký sklad
Technický sklad
Záložní a doplňovací rota
Čs. nemocnice č. 1
Čs. nemocnice č. 2
Čs. nemocnice č. 3
Čs. nemocnice č. 4
Čs. nemocnice č. 5
Sanitní vlak č. 4
Sanitní vlak č. 5
Zuboléčebný vlak
Zdravotní letučka č. 1
Politický oddíl
Politický plnomocník
Důstojnická škola
1. divize Husitská
plukovník Karel Voženílek
Štáb
1. čs. střelecký pluk Mistra Jana Husi
2. čs. střelecký pluk Jiřího z Poděbrad
3. čs. střelecký pluk Jana Žižky z Trocnova
4. čs. střelecký pluk Prokopa Velikého
Štáb dělostřelectva 1. divize
1. pluk lehkého dělostřelectva
1. těžký dělostřelecký division
1. muniční dělostřelecký division
1. samostatná technická rota
1. divizní vozatajstvo
1. divizní intendantstvo
1. divizní nemocnice
1. divizní zvěrolékařská nemocnice
Dům rekonvalescentů č. 1
Lékárnický sklad
Divizní soud
2. divize
plukovník Ludvík Krejčí
Štáb
5. čs. střelecký pluk Pražský T. G. Masaryka
6. čs. střelecký pluk Hanácký
7. čs. střelecký pluk Tatranský
8. čs. střelecký pluk Slezský
Štáb dělostřelectva 2. divize
2. pluk lehkého dělostřelectva
2. těžký dělostřelecký division
2. muniční dělostřelecký division
2. samostatná technická rota
2. divizní vozatajstvo
2. divizní intendantstvo
2. divizní nemocnice
2. divizní zvěrolékařská nemocnice
Dům rekonvalescentů č. 2
Lékárnický sklad
Divizní soud
3. divize
plukovník Lev Prchala
Štáb
9. čs. střelecký pluk Karla Havlíčka Borovského
10. čs. střelecký pluk Jana Sladkého Koziny
11. čs. střelecký pluk Františka Palackého
12. čs. střelecký pluk Milana Rastislava Štefánika
Štáb dělostřelectva 3. divize
3. pluk lehkého dělostřelectva
3. těžký dělostřelecký division
3. muniční dělostřelecký division
3. samostatná technická rota
3. divizní vozatajstvo
3. divizní intendantstvo
3. divizní nemocnice
3. divizní zvěrolékařská nemocnice
Dům rekonvalescentů č. 3
Lékárnický sklad
Divizní soud
Tomáš Jakl