První společnou jednotkou Čechů a Slováků po rozdělení společného státu byl 1. česko-slovenský prapor KFOR II, působící v Kosovu od února do října 2002, kdy byl postupně nahrazen dalšími česko-slovenskými prapory. Význam přelomové události v moderní historii AČR byl zdůrazněn účastí prezidentů Václava Havla a Rudolfa Schustera při předávacím aktu bojového praporu v Českém Krumlově. Jednotka během operace dohlížela na dodržování bezpečného prostředí na severovýchodě Kosova, v oblasti administrativní hranice se Srbskem, a na ochranu srbské menšiny v prostoru Sekirači.
Jedním z klíčových úkolů praporu byla pomoc místnímu obyvatelstvu při návratu k normálnímu životu ve spolupráci s různými humanitárními organizacemi. Jednotka byla vzhledem k rozsáhlému operačnímu prostoru rozmístěna na celkem čtyřech základnách – v Šajkovci, Sekirači, Gazela Lines a Gate 3. Do roku 2004 ji využívali v dalších pěti společných kontingentech, přičemž poslední vojáci se do ČR vrátili v roce 2005.
Prapor je červeným rukávem nasunut na dvoudílné žerdi zakončené klenotem ve tvaru neuzavřeného věnce složeného z lipových listů. Na žerdi je připevněna stuha s bílým polem a zlatě vyšitými nápisy "PREZIDENT SLOVENSKEJ REPUBLIKY" doplněným o znak Slovenska a "ČESŤ A SLÁVA" doplněné lipovou ratolest na rubové straně. Stuha je na konci zdobena zlatým třepením a doplněna o řapce v barvách trikolory. Líc praporu tvoří velký státní znak České republiky s pleménkovým lemem. Rub má shodný lem a světle modré pole. V poli je umístěna kruhová výseč s červeným polem. Výseč je šikmo dělená, na horní levé půli český lev a na pravé spodní slovenský dvojramenný kříž na modrém vrchu. Nad výsečí stříbrně vyšit nápis "ČESKO-SLOVENSKÝ" a pod ní "PRAPOR KFOR". Po stranách po jedné lipové ratolesti taktéž stříbrné.