V roce 2006 se rozhodl prezident republiky Václav Klaus udělovat za významné zásluhy a různé občanské aktivity Čestnou plaketu. Plaketa nacházející se ve sbírkách VHÚ byla věnována slavnému pilotovi z druhé světové války Františku Peřinovi při příležitosti jeho 95. narozenin. Stalo se tak dne 6. dubna 2006. Legendární letec je prvním člověkem, který toto vyznamenání na Pražském hradě převzal. „Tímto svým osobním oceněním, jehož jste právě Vy prvním nositelem, vyjadřuji respekt a úctu hlavy státu všeobecně váženým, výjimečným osobnostem,“ uvedl Václav Klaus ve svém dopise. Měsíc po udělení tohoto ocenění, dne 6. května 2006, generál František Peřina zemřel v pražské Ústřední vojenské nemocnici. Odešel tak jeden z nejvýznamnějších představitelů našeho druhého odboje.
Faleristická část pozůstalosti generála Peřiny obsahuje všechna zásadní československá (česká) vojenská vyznamenání za zásluhy v řadách zahraničního vojenského odboje let 1939–1945, a dále převážně vyznamenání francouzská a britská. Mimo jiné mu byl roku 1940 mnohonásobně udělen Francouzský válečný kříž 1939–45, poté, co se stal jedním z prvních dvaceti českých stíhačů na území Francie odeslaných na frontu.
Pozůstalost byla darována Vojenskému historickému ústavu v roce 2006.