Na podzim 1938 byla ČSR nucena odstoupit rozsáhlá území Německu, Maďarsku a Polsku, přesto však nadále existovala jako samostatný stát. Režim Druhé republiky měl silné autoritářské tendence, prezidentem se stala tragická postava šestašedesátiletého Emila Háchy. Slovensko získalo autonomii a vlastní vládu v čele s Jozefem Tisem, autonomii se těšil i zbytek Podkarpatské Rusi. Okleštěný stát byl přejmenován na Česko-Slovenskou republiku.
Druhá republika byla nucena vycházet vstříc německým požadavkům. To však Hitlerovi nestačilo, byl rozhodnut ji zcela zničit. 9. března 1939 byl pod dojmem obav ze slovenského separatismu Tiso odvolán z funkce. 13. března Tiso jednal s Hitlerem a vyslechl hrozbu, že nevyhlásí-li Slovensko pod německou patronací nezávislost, bude vystaveno maďarskému útoku. 14. března se Slovensko od ČSR pod Hitlerovým nátlakem skutečně odtrhlo, zároveň maďarské jednotky zaútočily na Podkarpatskou Rus, kterou vbrzku dobyly. Odpoledne odjeli Hácha a ministr zahraničí Chvalkovský do Berlína, kde byli vystaveni brutálnímu Hitlerovu a Göringovu nátlaku (hrozba, že Luftwaffe zničí Prahu). Před čtvrtou hodinou ranní 15. března byl Hácha nucen souhlasit s okupací. Poté se směl vydat na zpáteční cestu – jeho vlak však byl úmyslně zdržován, takže na Hrad dorazil později než Hitler, který se také vydal do Prahy.
Obsazování českých zemí začalo již 14. března večer ve Slezsku, přitom se na odpor postavila posádka Čajánkových kasáren v dnešním Frýdku-Místku. Obsazování většiny českého území mělo být zahájeno 15. března 1939 v 6:00 ráno. Emil Hácha ještě z Berlína poslal rozkaz, aby se čs. armáda okupaci nebránila. Tento rozkaz byl splněn a jednotky generálů Blaskowitze a Lista tak bez problémů obsadily české země. Navečer 15. března dorazil Hitler na Pražský hrad, kde zanedlouho uvítal Háchu. 16. března byl z Hitlerovy vůle zřízen Protektorát Čechy a Morava. Emil Hácha zůstal formálně jeho hlavou s funkcí tzv. „státního prezidenta“, reálnou moc však držel říšský protektor, jímž se stal bývalý německý ministr zahraničí Konstantin von Neurath. Následovalo šest let teroru a bezpříkladného ponížení českého národa.