Dne 25. prosince 1915 přeběhl na ruskou stranu. Již v lednu 1916 si podal přihlášku do České družiny, kde byl ustanoven velitelem čety v 6. rotě. Od listopadu 1916 jeho rota působila u ruské 23. pěší divize ve východní Haliči. Rudolf Medek se stal náčelníkem divizního průzkumu, jehož výsledky se staly záhy pověstnými. Kromě služby v rozvědkách redigoval dva rotní časopisy a přispíval do časopisu Čechoslovan, vydávaného v Kyjevě. Na 3. sjezdu Svazu čs. spolků na Rusi byl zvolen do Odbočky Československé národní rady na Rusi. Jako zástupce Odbočky se ve své bývalé 6. rotě zúčastnil bitvy u Zborova, jež se stala jeho celoživotní inspirací. V květnu 1918 se postavil za rozhodnutí I. sjezdu čsl. vojska prosadit si cestu do Vladivostoku i za použití zbraní. V srpnu 1918 byl postaven do čela Vojenského odboru Odbočky ČSNR.
Po návratu do vlasti se v červnu 1919 stal přednostou Památníku odboje, z něhož díky svým organizačním kvalitám a energické povaze vytvořil kvalitní ústav vojenské historie. Přitom stále publikoval básnicky, prozaicky i jako dramatik. V roce 1922 stál u vzniku Československé obce legionářské. Po příklonu vedení obce k levicovým politickým stranám inicioval v roce 1926 vznik Nezávislé jednoty československých legionářů, v jejímž čele stanul. Památník odboje byl v roce 1929 sloučen s Archivem národního osvobození, Vojenským museem a Vojenským archivem do nové instituce, která dostala název Památník osvobození. V jejím čele stanul opět Rudolf Medek, povýšený o dva roky později do generálské hodnosti. Roku 1937 organizoval oslavy dvacátého výročí bitvy u Zborova, jež se v době ohrožení republiky staly celonárodní manifestací odhodlání k obraně země.
Mnichov znamenal pro něj osudové zklamání. Jako výraz pohrdání signatáři Mnichovské dohody veřejně vrátil britskému králi Řád za vynikající službu (Distinguished Service Order, DSO) a francouzskému prezidentovi Řád Čestné legie. V květnu 1939 byl jedním z řečníků při ukládání ostatků Karla Hynka Máchy na pražském Slavíně, které bylo jednou z prvních demonstrací odporu českého národa proti německé okupaci. Dva měsíce po porážce Francie Německem, 22. srpna 1940, Rudolf Medek zemřel na zánět pobřišnice v pražské Nemocnici na Bulovce.