Je dodnes poměrně rozšířenou legendou, že Vlajka, která vznikla roku 1930, byla v době před okupací hnutím vyloženě protiněmeckým a vlasteneckým. Ve skutečnosti v ní od druhé poloviny třicátých let sílil ideový proud hledící obdivně na Hitlerovu říši. Na hnědém režimu jim imponovala především razance, s níž se vypořádal s těmi, které také vlajkaři považovali za své úhlavní nepřátele – se zednáři, marxisty a především Židy.
Počátkem září 1938 začala rozhlasová stanice Vídeň v hlavním čase (postupem doby i několikrát denně) hlásit zprávy v českém jazyce. Oficiálně šlo o vysílání pro českou menšinu. Ve skutečnosti však byla nacistická propaganda určena k šíření demoralizace a rozvratu v republice. Vysílání v režii Heydrichovy SD zajišťovali uprchlí vlajkaři.
Po Mnichovu zahájila Vlajka ofenzívu. Snažila se zneužít frustrace obyčejných lidí k útokům na symboly první republiky, rozněcovat antisemitismus a dále destabilizovat společnost. Bojovala však zároveň i proti představitelům nového režimu, kteří pro ně byli spjatí s nenáviděným státem T. G. Masaryka a Edvarda Beneše. Již 11. listopadu 1938 odpovědělo policejní ředitelství v Praze a Brně vydáním výnosů o zastavení činnosti Vlajky, zákazu jejího tisku a další politické činnosti. V sídle ústředí v pražské Žitné ulici č. p. 53 byla policií provedena domovní prohlídka, část písemností byla zabavena a místnosti sekretariátu zapečetěny.
Od této chvíle žila Vlajka v ilegalitě. Staré vedení představované Ing. Jindřichem Streiblem, obráncem pravosti Rukopisů Janem Vrzalíkem a dalšími bylo v podstatě odstaveno na vedlejší kolej a radikální křídlo reprezentované nedostudovaným medikem Janem Rysem-Rozsévačem, budoucím „Vůdcem“ a autorem spisku „Židozednářství metla světa“, zahájilo podzemní činnost.
Během podzimu a zimy 1938 byly české země doslova zaplaveny ilegálními vlajkařskými letáky, podepisovanými s odkazem na tajnou českou odbojovou organizaci z dob konce habsburské monarchie „Mafií Nového Československa – Vlajkou“.
S příchodem Nového roku 1939 se mnozí vlajkaři ještě více radikalizovali. Dokonce natolik, že začali uvažovat o provedení státního převratu. Ten si naštěstí představovali značně zjednodušenou optikou. Ilegální vedení dokonce vydalo cyklostylovaný oběžník, obsahující 26 bodů, podle nichž měly přípravy puče v jednotlivých městech probíhat. Teď už bylo jen otázkou času, kdy se o jejich záměrech dozví policie.
Došlo k tomu 12. února 1939 v Brně, během domovní prohlídky u učitelky Marie H., která byla známá jako sympatizantka hnutí. Následně bylo zatčeno několik dalších brněnských vlajkařů, kteří u policie učinili obsáhlé výpovědi. Z moravské metropole se tak již po pěti dnech přelilo zatýkání do Prahy. Zátah probíhal i v Olomouci, Kralupech nad Vltavou a v Jičíně.
Zdálo se, že je po puči. Krátce po zahájení zatýkání se však objevil ilegální leták varující státní orgány před další perzekucí členů hnutí, který v podstatě vyhrožoval teroristickými akcemi namířenými především proti občanům židovského původu. Jak se záhy ukázalo, nešlo jen o plané výhružky.
V noci z 25. na 26. února 1939 vybuchly v obchodě Singer u Prašné brány a v prodejně Včely na Královských Vinohradech vlajkaři nastražené nálože. Policie zareagovala 27. února zatčením Jana Ryse-Rozsévače, Jindřicha hraběte Thun-Hohensteina a dalších členů ilegálního vedení.
Štafetu převzala velmi agilní skupina plzeňských vlajkařů. Ti již 26. února 1939 zahájili v Kozolupech u Plzně provoz ilegální vysílačky inspirované vídeňským rozhlasem z podzimu minulého roku. Na noc z 6. na 7. března 1939 pak připravili bombový útok na obřadní síň židovského hřbitova. Ten však skončil tragicky – dva teroristé byli v důsledku neopatrné manipulace s vlastní výbušninou zabiti. Následoval bleskový zásah policie proti vlajkařům i v západočeské metropoli.
Většina zadržených v Praze, Brně, Olomouci, Plzni i v dalších městech byla nakonec propuštěna 14. března 1939 večer, nebo v ranních hodinách následujícího dne. Právě včas, aby mohli, jako jedni z mála Čechů, uvítat okupanty.