Vedle muzejní činnosti je nedílnou součástí aktivit Vojenského historického ústavu Praha také práce vědeckovýzkumná. Ta je principiálně zaměřena na historii českého a československého vojenství, rámcově také na oblast evropského a světového vojenství a historii obecně. Důležitým předmětem zkoumání je i problematika českého a československého I., II. a III. odboje ve 20. století a zpracovávání personálií předních vojenských osobností. Výsledky této práce prezentuje VHÚ Praha v knižních a časopiseckých publikacích, na vědeckých konferencích a seminářích, v muzejní a výstavní činnosti, v archivní a knihovní službě a v dalším servisu veřejnosti, vojenským útvarům, ústavům a zařízením.