Stávající operační struktura letectva a vojska PVOS byla v platnosti od 1. ledna 1976. Ze 7. armády PVOS bylo vytvořeno Velitelství protivzdušné obrany státu na úrovni vojskového operačního svazu a ze Správy letectva a vojsk PVOS FMNO vzniklo Velitelství letectva. Za více jak deset let došlo k řadě změnám.
K největším organizačním změnám došlo u vojskového letectva, kdy se vyprofilovaly velitelské orgány u okruhu a obou vševojskových operačních svazů a došlo k celkovému posílení vojskového letectva. V polovině 80. let bylo obnoveno bitevní letectvo. Do vojenského letectva bylo zavedeno několik moderních typů letadel a vrtulníků. U vojska PVOS pokračoval jeho intenzivní rozvoj. U protiletadlového raketového vojska se zvýšil počet protiletadlových raketových oddílů o 72 procent a posíleno bylo rovněž radiotechnické vojsko.
U bráněných míst Praha, Bratislava a Brno vznikly smíšené bojové sestavy. Zavedeny byly moderní protiletadlové raketové systémy. U vojska protivzdušné obrany pozemního vojska došlo k jeho přezbrojení na moderní protiletadlovou raketovou techniku. Cílem jednotného velení letectvu a PVOS v míru bylo zajistit společnou činnost při plnění úkolů bojové přípravy, bezpečnost letového provozu a jednotného rozvoje letectva, PVOS a vojska PVO pozemního vojska.
Z Velitelství letectva, Správy vojska PVO Hlavní správy pozemního vojska a Velitelství PVOS bylo v první polovině roku 1990 vytvořeno jedno místo velení vojenskému letectvu a vojsku PVOS s názvem Velitelství letectva a protivzdušné obrany státu. Podřízeny mu byly 10. letecká armáda, všechny svazky, útvary a zařízení, které byly doposud v přímé podřízenosti zrušených velitelství a správ.
V čele velitelství stál velitel letectva a PVOS-zástupce ministra národní obrany, který odpovídal ministru národní obrany za stav připravenosti letectva a vojska protivzdušné obrany státu. Vůči vojskovému letectvu, vojsku protivzdušné obrany pozemního vojska v míru a za války a frontovému letectvu za války plnilo velitelství funkci odborného řízení. Nově vzniklé velitelství bylo vytvořeno na základě bývalého velitelství PVOS, kde nejvíce pokročila automatizace velení. Nový velitelský orgán byl přesunut do Staré Boleslavi.
Desátá letecká armáda byla reorganizována na 1. smíšený letecký sbor, ve kterém zůstal zachován štáb frontového letectva. Ten se za branné pohotovosti státu spolu s velitelstvím sboru měnil ve Velitelství letectva frontu. Ve vojenském letectvu byl postupně odstraněn jeden stupeň velení – letecké divize.
Zrušena byla 1. stíhací letecká divize v Bechyni a o rok dříve 4. stíhací letecký pluk v Pardubicích. Z její sestavy byl 3. divizi PVOS v Žatci předán 5. stíhací letecký pluk v Dobřanech. Její 9. stíhací letecký pluk v Bechyni byl reorganizován na 9. stíhací bombardovací letecký pluk a byl podřízen 34. stíhací bombardovací letecké divizi v Čáslavi. Čáslavská stíhací bombardovací letecká divize byla dočasně zachována a nově velela čtyřem stíhacím bombardovacím leteckým plukům.
Z její struktury byl vyňat 30. bitevní letecký pluk v Pardubicích a přímo podléhal 1. smíšenému leteckému sboru v Hradci Králové. V první fázi v roce 1990 nepřešlo vojenské letectvo zcela na dvoustupňový systém velení a 1. smíšenému leteckému sboru byly podřízeny stíhací bombardovací letecká divize se čtyřmi pluky, bitevní letecký pluk, průzkumný letecký pluk a smíšený dopravní letecký pluk.
U protivzdušné obrany státu došlo pouze k menším organizačním změnám. 2. divize PVOS v Brně, která bránila jižní náletový směr a vzdušný prostor Moravy, Slezska a Slovenska měla svoji organizační strukturu beze změny. Její sestava se skládala ze stíhacího leteckého pluku, dvou protiletadlových raketových brigád, protiletadlového raketového pluku a radiotechnické brigády. V roce 1989 byla u ní vytvořena v rámci jedné protiletadlové raketové brigády protiletadlová raketová skupina VEGA.
Třetí divize PVOS v Žatci, která bránila hlavní náletový směr a celý prostor Čech, byla posílena od frontového letectva o jeden stíhací letecký pluk. Skládala se z protiletadlové raketové brigády, u které již v roce 1985 vznikla protiletadlová raketová skupina VEGA, protiletadlového raketového pluku, tří stíhacích leteckých pluků a radiotechnické brigády. ¨
Ve druhé fázi reorganizace došlo k 31. 10. 1992 ke zrušení 34. stíhací bombardovací letecké divize. Tím byl zrušen poslední divizní mezistupeň v systému velení u vojenského letectva. V roce 1991 byl v Přerově zrušen 6. stíhací bombardovací letecký pluk od 34. stíhací bombardovací letecké divize. Nově velel 1. smíšený letecký sbor v Hradci Králové třem stíhacím bombardovacím leteckým plukům, bitevnímu leteckému pluku, průzkumnému leteckému pluku a smíšenému dopravnímu leteckému pluku. U 3. divize PVOS byl v roce 1991 zrušen nedávno k ní převelený 5. stíhací letecký pluk v Dobřanech.
Rozdělení letectva a PVOS v roce 1976 přispělo k rychlejšímu samostatnému rozvoji vojska protivzdušné obrany státu, ale mělo negativní vliv na rozvoj automatizace a modernizace prostředků velení v letectvu. Vytvořily se duplicitní vazby mezi Velitelstvím letectva a Velitelstvím PVOS.
Prohlubovaly se nedostatky ve velení mezi jednotlivými velitelstvími a 10. leteckou armádou. Vojsko protivzdušné obrany pozemního vojska se v tomto období rozvíjelo odděleně. Samostatný rozvoj těchto druhů vojsk se stal ekonomicky náročný, složitý pro součinnost a neřešil velení z jednoho centra s využitím moderních automatizačních prvků systému velení. Navržená organizační struktura řešila složité vztahy a problémy v přípravě letectva, vojska protivzdušné obrany pozemního vojska a vojska PVOS.
U letectva, v závislosti na počtech moderní techniky, došlo ke snižování počtů leteckých pluků a letek v plucích a současně ke zvyšování počtů letounů v letkách, v jejich větší samostatnosti při bojové činnosti i v leteckém výcviku. U vojska PVOS a vojska protivzdušné obrany pozemního vojska byly postupně vytvořeny podmínky pro integraci velení protivzdušné obrany Československa z jednoho centra v míru i za války.
U Velitelství letectva a PVOS se sjednotil rozvoj automatizace systému velení v jednotném řízení všech druhů vojsk a jejich bojového a speciálního zabezpečení. Nedořešeno zůstalo velení všem prostředkům protivzdušné obrany z jednoho centra. Vojsko protivzdušné obrany pozemního vojska bylo podřízeno v míru a za války veliteli Západního vojenského okruhu. Předpokládalo se totiž, že během bojových operací dojde k jeho oddělení ze systému protivzdušné obrany státu a primárně bude chránit bojující svazky a jednotky pozemního vojska podřízené velitelství frontu.